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乳酸菌含有三大属：①乳杆菌属（例如嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、副干酪乳杆菌、植物乳杆菌、罗伊氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌等）、②双歧杆菌属（如青春双歧杆菌、两岐双歧杆菌等）③嗜热链球菌属。从发酵类型来看乳酸菌又分为：①以奶或奶制品等动物性食源为培养基发酵而成的动物性乳酸菌，其特点为高热量、抗热抗酸性差，只进行初级代谢发酵培养，产品中含有乳酸及乳酸菌，不含对有重要作用的菌的次级代谢产物。②以纯天然粮食作物或果蔬类为培养基发酵而成的植物性乳酸菌，其特点为低热量、抗热抗酸性强，是以乳酸和乳酸菌的初级代谢或者次级代谢发酵为主，两者皆有。